Taxonomie (biologie)

Partie d'une série sur
La biologie de l'évolution
Les pinsons de Darwin par John Gould
Thèmes clés Introduction à l'évolution Descendance commune Preuve
Processus et résultats Génétique des populations Variation La diversité Mutation Sélection naturelle Adaptation Polymorphisme Dérive génétique Flux de gènes Spéciation Radiation adaptative La coopération Coévolution Coextinction Divergence Convergence Évolution parallèle Extinction
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En biologie , la taxonomie (du grec ancien τάξις ( taxis )  «arrangement» et -νομία ( -nomia )  « méthode ») est l' étude scientifique de la dénomination, de la définition ( circonscription ) et de la classification de groupes d' organismes biologiques en fonction de caractéristiques communes. Les organismes sont regroupés en taxons (singulier: taxon) et ces groupes reçoivent un rang taxinomique ; les groupes d'un rang donné peuvent être agrégés pour former un groupe plus inclusif de rang supérieur, créant ainsi une hiérarchie taxonomique. Les principaux rangs dans l'usage moderne sont le domaine , le royaume , le phylum (la division est parfois utilisée en botanique à la place du phylum), la classe , l' ordre , la famille , le genre et l' espèce . Le botaniste suédois Carl Linnaeus est considéré comme le fondateur du système actuel de taxonomie, car il a développé un système classé connu sous le nom de taxonomie linnéenne pour catégoriser les organismes et la nomenclature binominale pour nommer les organismes.

Avec les progrès de la théorie, des données et de la technologie analytique de la systématique biologique, le système linnéen s'est transformé en un système de classification biologique moderne destiné à refléter les relations évolutives entre les organismes, vivants et disparus.

Définition [ modifier ]

La définition exacte de la taxonomie varie d'une source à l'autre, mais le cœur de la discipline demeure: la conception, la dénomination et la classification de groupes d'organismes. ^[1] À titre de référence, les définitions récentes de la taxonomie sont présentées ci-dessous:

1. Théorie et pratique consistant à regrouper les individus en espèces, à organiser les espèces en groupes plus grands et à donner des noms à ces groupes, produisant ainsi une classification. ^[2]
2. Un domaine scientifique (et une composante majeure de la systématique ) qui englobe la description, l'identification, la nomenclature et la classification ^[3]
3. La science de la classification, en biologie la disposition des organismes dans une classification ^[4]
4. "La science de la classification appliquée aux organismes vivants, y compris l'étude des moyens de formation des espèces, etc." ^[5]
5. "L'analyse des caractéristiques d'un organisme aux fins de la classification" ^[6]
6. "La systématique étudie la phylogénie pour fournir un modèle qui peut être traduit dans la classification et les noms du domaine plus inclusif de la taxonomie" (répertorié comme une définition souhaitable mais inhabituelle) ^[7]

Les définitions variées placent la taxonomie comme un sous-domaine de la systématique (définition 2), inversent cette relation (définition 6) ou semblent considérer les deux termes comme synonymes. Il y a un certain désaccord sur le point de savoir si la nomenclature biologique est considérée comme une partie de la taxonomie (définitions 1 et 2), ou une partie de la systématique en dehors de la taxonomie. ^[8] Par exemple, la définition 6 est associée à la définition suivante de la systématique qui place la nomenclature en dehors de la taxonomie: ^[6]

• Systématique : "L'étude de l'identification, de la taxonomie et de la nomenclature des organismes, y compris la classification des êtres vivants en fonction de leurs relations naturelles et l'étude de la variation et de l'évolution des taxons".

Tout un ensemble de termes, y compris la taxonomie, la biologie systématique , la systématique, la biosystématique , la classification scientifique, la classification biologique et la phylogénétique, ont parfois eu des significations qui se chevauchent - parfois les mêmes, parfois légèrement différentes, mais toujours liées et croisées. ^{[1] [9]} Le sens le plus large de «taxonomie» est utilisé ici. Le terme lui-même a été introduit en 1813 par de Candolle , dans sa Théorie élémentaire de la botanique . ^[dix]

Monographie et révision taxonomique [ modifier ]

Une révision taxonomique ou un examen taxonomique est une nouvelle analyse des modèles de variation dans un taxon particulier . Cette analyse peut être exécutée sur la base de toute combinaison des divers types de caractères disponibles, tels que morphologiques, anatomiques, palynologiques, biochimiques et génétiques. Une monographieou révision complète est une révision complète pour un taxon pour les informations données à un moment donné et pour le monde entier. D'autres révisions (partielles) peuvent être limitées dans le sens où elles peuvent n'utiliser que certains des jeux de caractères disponibles ou avoir une portée spatiale limitée. Une révision entraîne une conformation ou de nouvelles informations sur les relations entre les sous-taxons au sein du taxon à l'étude, ce qui peut entraîner un changement dans la classification de ces sous-taxons, l'identification de nouveaux sous-taxons ou la fusion des sous-taxons précédents. ^[11]

Alpha et taxonomie bêta [ modifier ]

Le terme « taxonomie alpha » est principalement utilisé aujourd'hui pour désigner la discipline consistant à trouver, décrire et nommer des taxons , en particulier des espèces. ^[12] Dans la littérature antérieure, le terme avait une signification différente, se référant à la taxonomie morphologique et aux produits de la recherche jusqu'à la fin du 19ème siècle. ^[13]

William Bertram Turrill a introduit le terme «taxonomie alpha» dans une série d'articles publiés en 1935 et 1937 dans lesquels il discutait de la philosophie et des orientations futures possibles de la discipline de la taxonomie. ^[14]

... il y a un désir croissant parmi les taxonomistes de considérer leurs problèmes d'un point de vue plus large, d'étudier les possibilités d'une coopération plus étroite avec leurs collègues cytologistes, écologiques et génétiques et de reconnaître qu'une révision ou une expansion, peut-être de nature drastique, de leurs buts et méthodes, peut être souhaitable ... Turrill (1935) a suggéré que tout en acceptant l'ancienne taxonomie inestimable, basée sur la structure, et commodément désignée «alpha», il est possible d'entrevoir une taxonomie lointaine construite sur comme une large base de faits morphologiques et physiologiques que possible, et dans laquelle «on trouve une place pour toutes les données d'observation et expérimentales relatives, même indirectement, à la constitution, à la subdivision, à l'origine et au comportement des espèces et autres groupes taxonomiques». Les idéaux peuvent,on peut dire qu'il ne se réalisera jamais complètement. Ils ont, cependant, une grande valeur d'agir comme des stimulants permanents, et si nous avons un idéal, même vague, d'une taxonomie «oméga», nous pouvons progresser un peu dans l'alphabet grec. Certains d'entre nous se font plaisir en pensant que nous sommes en train de tâtonner dans une taxonomie "bêta".^[14]

Turrill exclut donc explicitement de la taxonomie alpha divers domaines d'étude qu'il inclut dans la taxonomie dans son ensemble, tels que l'écologie, la physiologie, la génétique et la cytologie. Il exclut en outre la reconstruction phylogénétique de la taxonomie alpha (pp. 365–366).

Les auteurs ultérieurs ont utilisé le terme dans un sens différent, pour désigner la délimitation des espèces (et non des sous-espèces ou des taxons d'autres rangs), en utilisant toutes les techniques d'enquête disponibles, et y compris des techniques informatiques ou de laboratoire sophistiquées. ^{[15] [12]} Ainsi, Ernst Mayr en 1968 a défini la " taxonomie bêta " comme la classification des rangs supérieurs aux espèces. ^[16]

Une compréhension de la signification biologique de la variation et de l'origine évolutive de groupes d'espèces apparentées est encore plus importante pour la deuxième étape de l'activité taxonomique, le tri des espèces en groupes de parents («taxons») et leur disposition dans une hiérarchie de catégories supérieures. Cette activité est ce que le terme classification désigne; elle est également appelée «taxonomie bêta».

Microtaxonomy et macrotaxonomy [ modifier ]

La manière dont les espèces doivent être définies dans un groupe particulier d'organismes soulève des problèmes pratiques et théoriques que l'on appelle le problème des espèces . Le travail scientifique consistant à décider comment définir les espèces a été appelé microtaxonomie. ^{[17] [18] [12]} Par extension, la macrotaxonomie est l'étude de groupes au sous-genre de rangs taxonomiques supérieurs et au-dessus. ^[12]

Histoire [ modifier ]

Alors que certaines descriptions de l'histoire taxinomique tentent de dater la taxonomie des civilisations anciennes, une tentative véritablement scientifique de classer les organismes n'a eu lieu qu'au XVIIIe siècle. Les travaux antérieurs étaient principalement descriptifs et axés sur les plantes utiles en agriculture ou en médecine. Il y a un certain nombre d'étapes dans cette réflexion scientifique. La taxonomie primitive était basée sur des critères arbitraires, les soi-disant «systèmes artificiels», y compris le système de classification sexuelle des plantes de Linné (bien sûr, la classification des animaux de Linnaeus était intitulée «Systema Naturae» («le système de la nature»), ce qui implique que lui, du moins, croyait que c'était plus qu'un «système artificiel»). Plus tard vinrent des systèmes basés sur un examen plus complet des caractéristiques des taxons, appelés "systèmes naturels ", tels que ceux dede Jussieu (1789), de Candolle (1813) et Bentham et Hooker (1862–1863). Ces classifications décrivaient des modèles empiriques et étaient pré- évolutionnaires dans la pensée. La publication de Charles Darwin « s L'Origine des espèces (1859) a conduit à une explication nouvelle pour les classifications, sur la base des relations d' évolution. C'était le concept des systèmes phylétiques , à partir de 1883. Cette approche a été caractérisée par celles d' Eichler (1883) et d' Engler (1886–1892). L'avènement de la méthodologie cladistique dans les années 1970 a conduit à des classifications basées sur le seul critère de la monophylie , étayées par la présence desynapomorphies . Depuis lors, la base de preuve a été élargie avec des données de génétique moléculaire qui, pour la plupart, complètent la morphologie traditionnelle . ^{[19] [ page nécessaire ] [20] [ page nécessaire ] [21] [ page nécessaire ]}

Pré-linnéen [ modifier le wikicode ]

Les premiers taxonomistes [ modifier ]

Nommer et classer notre environnement a probablement eu lieu aussi longtemps que l'humanité a pu communiquer. Il aurait toujours été important de connaître les noms des plantes et des animaux vénéneux et comestibles afin de communiquer cette information aux autres membres de la famille ou du groupe. Des illustrations de plantes médicinales apparaissent dans les peintures murales égyptiennes de c. 1500 avant JC, indiquant que les utilisations des différentes espèces étaient comprises et qu'une taxonomie de base était en place. ^[22]

Les temps anciens [ modifier le wikicode ]

Les organismes ont été classés pour la première fois par Aristote ( Grèce , 384–322 avant JC) lors de son séjour sur l' île de Lesbos . ^{[23] [24] [25]} Il a classé les êtres par leurs parties, ou en termes modernes attributs , comme avoir une naissance vivante, avoir quatre pattes, pondre des œufs, avoir du sang ou être au corps chaud. ^[26] Il a divisé tous les êtres vivants en deux groupes: les plantes et les animaux. ^[24] Certains de ses groupes d'animaux, tels que Anhaima (animaux sans sang, traduits par invertébrés ) et Enhaima (animaux avec du sang, à peu près les vertébrés), ainsi que des groupes comme les requins et les cétacés , sont encore couramment utilisés aujourd'hui. ^[27] Son étudiant Theophrastus (Grèce, 370–285 BC) a continué cette tradition, mentionnant quelques 500 usines et leurs utilisations dans son Historia Plantarum . Encore une fois, plusieurs groupes de plantes actuellement encore reconnus peuvent être retracés jusqu'à Theophrastus, tels que Cornus , Crocus et Narcissus . ^[24]

Medieval [ modifier ]

La taxonomie au Moyen Age a été en grande partie basée sur le système aristotélicien , ^[26] avec des ajouts concernant l'ordre philosophique et existentiel des créatures. Cela incluait des concepts tels que la Grande chaîne d'être dans la tradition scolastique occidentale , ^[26] dérivant à nouveau finalement d'Aristote. Le système aristotélicien n'a pas classé les plantes ou les champignons, en raison du manque de microscope à l'époque, ^[25] car ses idées étaient basées sur l'organisation du monde complet dans un seul continuum, selon la scala naturae (l'échelle naturelle). ^[24] Ceci, également, a été pris en considération dans la Grande chaîne de l'être.^{[24] Des} avances ont été faites par des érudits tels que Procope , Timothée de Gaza , Demetrios Pepagomenos et Thomas d'Aquin . Les penseurs médiévaux ont utilisé des catégorisations philosophiques et logiques abstraites plus adaptées à la philosophie abstraite qu'à la taxonomie pragmatique. ^[24]

Renaissance et Early Modern [ modifier ]

Pendant la Renaissance , l' Âge de la Raison et les Lumières, la catégorisation des organismes est devenue plus répandue, ^[24] et les travaux taxonomiques sont devenus suffisamment ambitieux pour remplacer les textes anciens. Ceci est parfois attribué au développement de lentilles optiques sophistiquées, qui ont permis d'étudier la morphologie des organismes plus en détail. L'un des premiers auteurs à profiter de ce saut technologique est le médecin italien Andrea Cesalpino (1519-1603), surnommé "le premier taxonomiste". ^[28] Son magnum opus De Plantis est sorti en 1583 et a décrit plus de 1500 espèces végétales. ^{[29] [30]}Deux grandes familles de plantes qu'il a reconnues pour la première fois sont toujours utilisées aujourd'hui: les astéracées et les brassicacées . ^[31] Puis au 17ème siècle, John Ray ( Angleterre , 1627-1705) a écrit de nombreux travaux taxonomiques importants. ^[25] On peut soutenir que son plus grand accomplissement était Methodus Plantarum Nova (1682), ^[32] dans lequel il a publié des détails de plus de 18 000 espèces végétales. À l'époque, ses classifications étaient peut-être les plus complexes encore produites par n'importe quel taxonomiste, car il fondait ses taxons sur de nombreux caractères combinés. Les travaux taxonomiques majeurs suivants ont été produits par Joseph Pitton de Tournefort (France, 1656-1708). ^[33]Son travail de 1700, Institutiones Rei Herbariae , comprenait plus de 9000 espèces dans 698 genres, ce qui a directement influencé Linnaeus, car c'était le texte qu'il utilisait en tant que jeune étudiant. ^[22]

L'ère Linné [ modifier ]

Le botaniste suédois Carl Linnaeus (1707–1778) ^{[26] a} inauguré une nouvelle ère de taxonomie. Avec ses travaux majeurs Systema Naturae 1ère Edition en 1735, ^[34] Species Plantarum en 1753, ^[35] et Systema Naturae 10ème Edition , ^[36] il a révolutionné la taxonomie moderne. Ses travaux ont mis en œuvre un système de dénomination binomiale normalisé pour les espèces animales et végétales, ^[37]qui s'est avérée être une solution élégante à une littérature taxinomique chaotique et désorganisée. Il a non seulement introduit la norme de classe, d'ordre, de genre et d'espèce, mais a également rendu possible l'identification des plantes et des animaux à partir de son livre, en utilisant les plus petites parties de la fleur. ^[37] Ainsi, le système linnéen est né et est encore utilisé essentiellement de la même manière aujourd'hui qu'il l'était au 18ème siècle. ^[37] Actuellement, les taxonomistes végétaux et animaux considèrent le travail de Linnaeus comme le "point de départ" pour les noms valides (en 1753 et 1758 respectivement). ^{[38] Les} noms publiés avant ces dates sont appelés "pré-linnéens" et non considérés comme valides (à l'exception des araignées publiées dans Svenska Spindlar ^[39]). Même les noms taxonomiques publiés par Linné lui-même avant ces dates sont considérés comme pré-linnéens. ^[22]

Système moderne de classification [ modifier ]

Un modèle de groupes imbriqués au sein des groupes a été spécifié par les classifications de Linné de plantes et d' animaux, et ces modèles ont commencé à être représentée comme dendrogrammes des animaux et des plantes royaumes vers la fin du 18ème siècle, bien avant l'Origine des espèces a été publiée . ^[25] Le modèle du "Système Naturel" n'impliquait pas un processus générateur, tel que l'évolution, mais peut l'avoir impliqué, inspirant les premiers penseurs transmutationnistes. Parmi les premières œuvres qui explorent l'idée d'une transformation des espèces étaient Erasmus Darwin « s 1796 Zoonomie et Jean-Baptiste Lamarck » s Philosophie Zoologique de 1809.^[12] L'idée a été popularisée dans le monde anglophone par les vestiges spéculatifs mais largement lus de l'histoire naturelle de la création , publiés anonymement par Robert Chambers en 1844. ^[40]

Avec la théorie de Darwin, une acceptation générale est rapidement apparue qu'une classification devrait refléter le principe darwinien de descendance commune . ^[41] Les représentations d' arbre de vie sont devenues populaires dans les travaux scientifiques, avec des groupes fossiles connus incorporés. L'un des premiers groupes modernes liés aux ancêtres fossiles était les oiseaux . ^[42] Utilisant les fossiles alors nouvellement découverts d' Archaeopteryx et de Hesperornis , Thomas Henry Huxley a déclaré qu'ils avaient évolué des dinosaures, un groupe formellement nommé par Richard Owen en 1842. ^{[43] [44]}La description qui en résulte, celle des dinosaures "donnant naissance" ou étant "les ancêtres" des oiseaux, est la marque essentielle de la pensée taxonomique évolutionniste . Alors que de plus en plus de groupes fossiles ont été découverts et reconnus à la fin du 19e et au début du 20e siècle, les paléontologues ont travaillé pour comprendre l'histoire des animaux à travers les âges en reliant les groupes connus. ^[45] Avec la synthèse évolutionniste moderne du début des années 1940, une compréhension essentiellement moderne de l'évolution des grands groupes était en place. Comme la taxonomie évolutive est basée sur les rangs taxonomiques linnéens, les deux termes sont largement interchangeables dans l'usage moderne. ^[46]

La méthode cladistique est apparue depuis les années 1960. ^[41] En 1958, Julian Huxley a utilisé le terme clade. ^[12] Plus tard, en 1960, Cain et Harrison ont introduit le terme cladistique. ^[12] La caractéristique saillante est la disposition des taxons dans un arbre évolutionnaire hiérarchique , avec le desideratum que tous les taxons nommés sont monophylétiques. ^[41] Un taxon est appelé monophylétique, s'il comprend tous les descendants d'une forme ancestrale. ^{[47] [48] ​​Les} groupes qui ont des groupes descendants retirés d'eux sont appelés paraphylétiques , ^[47] tandis que les groupes représentant plus d'une branche de l'arbre de vie sont appeléspolyphylétique . ^{[47] [48] ​​Les} groupes monophylétiques sont reconnus et diagnostiqués sur la base des synapomorphies , des états de caractères dérivés partagés. ^[49]

Les classifications cladistiques sont compatibles avec la taxonomie linnéenne traditionnelle et les codes de nomenclature zoologique et botanique . ^[50] Un système alternatif de nomenclature, le Code international de nomenclature phylogénétique ou PhyloCode a été proposé, dont l'intention est de réglementer la dénomination formelle des clades . ^{[51] [52] Les} rangs linnéens seront facultatifs sous le PhyloCode , qui est destiné à coexister avec les codes actuels basés sur les rangs. ^[52] Il reste à voir si la communauté systématique adoptera le PhyloCode ou le rejettera au profit des systèmes de nomenclature actuels qui sont utilisés (et modifiés au besoin) depuis plus de 250 ans.

Royaumes et domaines [ modifier ]

Bien avant Linné, les plantes et les animaux étaient considérés comme des royaumes distincts. ^[53] Linnaeus a utilisé ceci comme le premier rang, divisant le monde physique en règnes végétal, animal et minéral. Au fur et à mesure que les progrès de la microscopie rendaient possible la classification des micro-organismes, le nombre de règnes augmenta, les systèmes à cinq et six règnes étant les plus courants.

Les domaines constituent un groupe relativement nouveau. D' abord proposé en 1977, Carl Woese de » système à trois domaines n'a pas été généralement admis que plus tard. ^[54] Une caractéristique principale de la méthode à trois domaines est la séparation des archées et des bactéries , précédemment regroupées dans le règne unique des bactéries (un royaume aussi parfois appelé Monera ), ^[53] avec l' Eukaryota pour tous les organismes dont les cellules contiennent un noyau . ^[55] Un petit nombre de scientifiques incluent un sixième royaume, Archaea, mais n'acceptent pas la méthode de domaine. ^[53]

Thomas Cavalier-Smith , qui a beaucoup publié sur la classification des protistes , a récemment proposé que le Neomura , le clade qui regroupe les archées et les eucarya , aurait évolué à partir des bactéries, plus précisément des actinobactéries . Sa classification de 2004 traitait les archéobactéries comme faisant partie d'un sous-royaume du royaume des bactéries, c'est-à-dire qu'il rejetait entièrement le système à trois domaines. ^[56] Stefan Luketa en 2012 a proposé un système à cinq «dominions», ajoutant Prionobiota (acellulaire et sans acide nucléique) et Virusobiota (acellulaire mais avec acide nucléique) aux trois domaines traditionnels. ^[57]

Ces dernières classifications complètes [ modifier ]

Des classifications partielles existent pour de nombreux groupes individuels d'organismes et sont révisées et remplacées à mesure que de nouvelles informations deviennent disponibles; cependant, les traitements complets et publiés de la plupart ou de la totalité de la vie sont plus rares; des exemples récents sont ceux d'Adl et al., 2012 et 2019, ^{[65] [66]} qui couvre les eucaryotes uniquement avec un accent sur les protistes, et Ruggiero et al., 2015, ^[67] couvrant à la fois les eucaryotes et les procaryotes au rang de L'ordre, bien que les deux excluent les représentants des fossiles. ^[67] Une compilation distincte (Ruggiero, 2014) ^[68] couvre les taxons existants jusqu'au rang de famille. D'autres traitements basés sur des bases de données comprennent l' Encyclopédie de la vie , leGlobal Biodiversity Information Facility , la base de données taxonomiques du NCBI , le registre provisoire des genres marins et non marins , l' arbre de vie ouvert et le catalogue de la vie . La base de données sur la paléobiologie est une ressource pour les fossiles.

Application [ modifier ]

La taxonomie biologique est une sous-discipline de la biologie et est généralement pratiquée par des biologistes appelés «taxonomistes», bien que des naturalistes enthousiastes soient également fréquemment impliqués dans la publication de nouveaux taxons. ^[69] Parce que la taxonomie vise à décrire et organiser la vie , les travaux menés par les taxonomistes sont essentiels pour l'étude de la biodiversité et du domaine résultant de la biologie de la conservation . ^{[70] [71]}

Organismes classificatoires [ modifier ]

La classification biologique est une composante essentielle du processus taxinomique. En conséquence, il informe l'utilisateur de ce que les parents du taxon sont supposés être. La classification biologique utilise des classements taxonomiques, y compris entre autres (dans l'ordre du plus inclusif au moins inclusif): domaine , royaume , phylum , classe , ordre , famille , genre , espèce et souche . ^{[72] [note 1]}

Descriptions taxinomiques [ modifier ]

La «définition» d'un taxon est encapsulée par sa description ou son diagnostic ou par les deux combinés. Il n'y a pas de règles fixes régissant la définition des taxons, mais la dénomination et la publication des nouveaux taxons sont régies par des ensembles de règles. ^[8] En zoologie , la nomenclature des rangs les plus couramment utilisés ( superfamille à sous-espèce ) est régie par le Code international de nomenclature zoologique ( Code ICZN ). ^[73] Dans les domaines de la phycologie , de la mycologie et de la botanique , la dénomination des taxons est régie par laCode international de nomenclature des algues, champignons et plantes ( ICN ). ^[74]

La description initiale d'un taxon implique cinq exigences principales: ^[75]

1. Le taxon doit recevoir un nom basé sur les 26 lettres de l'alphabet latin (un binôme pour les nouvelles espèces, ou uninomial pour les autres rangs).
2. Le nom doit être unique (c'est-à-dire pas un homonyme ).
3. La description doit être basée sur au moins un spécimen de type portant un nom .
4. Il doit inclure des déclarations sur les attributs appropriés, soit pour décrire (définir) le taxon, soit pour le différencier des autres taxons (le diagnostic, Code ICZN , article 13.1.1, ICN , article 38). Les deux codes séparent délibérément la définition du contenu d'un taxon (sa circonscription ) de la définition de son nom.
5. Ces quatre premières exigences doivent être publiées dans un ouvrage qui peut être obtenu en de nombreux exemplaires identiques, en tant que dossier scientifique permanent.

Cependant, souvent beaucoup plus d'informations sont incluses, comme la gamme géographique du taxon, les notes écologiques, la chimie, le comportement, etc. La façon dont les chercheurs arrivent à leurs taxons varie: en fonction des données disponibles et des ressources, les méthodes varient de simples quantitatives ou qualitatives des comparaisons de caractéristiques frappantes, pour élaborer des analyses informatiques de grandes quantités de données de séquence d'ADN . ^[76]

Citation de l' auteur [ modifier ]

Une «autorité» peut être placée après un nom scientifique. ^[77] L'autorité est le nom du ou des scientifiques qui ont valablement publié le nom pour la première fois. ^[77] Par exemple, en 1758, Linnaeus a donné à l' éléphant d'Asie le nom scientifique Elephas maximus , ainsi le nom est parfois écrit comme " Elephas maximus Linnaeus, 1758". ^[78] Les noms des auteurs sont fréquemment abrégés: l'abréviation L., pour Linnaeus, est couramment utilisée. En botanique, il existe en fait une liste réglementée d'abréviations standard (voir liste des botanistes par abréviation d'auteur ). ^[79] Le système d'attribution des pouvoirs diffère légèrement entrebotanique et zoologie . ^[8] Cependant, il est normal que si le genre d'une espèce a été changé depuis la description originale, le nom de l'autorité d'origine est placé entre parenthèses. ^[80]

Phenetics [ modifier ]

En phénétique, également connue sous le nom de taximétrie, ou taxonomie numérique, les organismes sont classés en fonction de leur similitude globale, indépendamment de leur phylogénie ou de leurs relations évolutives. ^[12] Il en résulte une mesure de la "distance" évolutive entre les taxons. Les méthodes phénétiques sont devenues relativement rares à l'époque moderne, largement remplacées par les analyses cladistiques, car les méthodes phénétiques ne distinguent pas les traits ancestraux communs (ou plésiomorphes ) des nouveaux traits communs (ou apomorphes). ^[81] Cependant, certaines méthodes phénétiques, telles que la jonction de voisins , ont trouvé leur chemin dans la cladistique, comme une approximation raisonnable de la phylogénie lorsque des méthodes plus avancées (comme l'inférence bayésienne ) sont trop coûteuses en calcul.^[82]

Bases de données [ modifier ]

La taxonomie moderne utilise des technologies de base de données pour rechercher et cataloguer les classifications et leur documentation. ^[83] Bien qu'il n'y ait pas de base de données couramment utilisée, il existe des bases de données complètes telles que le Catalogue of Life , qui tente d'énumérer toutes les espèces documentées. ^[84] Le catalogue a répertorié 1,64 million d'espèces pour tous les royaumes en avril 2016, revendiquant une couverture de plus des trois quarts des espèces estimées connues de la science moderne. ^[85]

Voir aussi [ modifier ]

Notes [ modifier ]

Références [ modifier ]

Bibliographie [ modifier ]

Liens externes [ modifier ]

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Wikiquote a des citations liées à: Taxonomie (biologie)

Wikimedia Commons a des médias liés à la taxonomie (biologie) .

Wikisource a des travaux originaux sur le sujet: Taxonomie

• Qu'est-ce que la taxonomie? au Natural History Museum de Londres
• Taxonomie au NCBI le National Center for Biotechnology Information
• Taxonomie à UniProt, la ressource universelle de protéines
• ITIS le système d'information taxonomique intégré
• CETaF le Consortium des Installations Taxonomiques Européennes
• Annuaire gratuit d'espèces Wikispecies
• Classification biologique.